Die Struktur der Neuapostolischen Kirche International gliedert sich in mehrere Gebietskirchen, welche von Bezirksaposteln geleitet werden. Oberster Leiter und oberste geistliche Autorität der Kirche ist der Stammapostel. Gegenwärtiger Stammapostel, seit Pfingsten 2005, ist Wilhelm Leber. Die Stellung des Stammapostels ist vergleichbar der Stellung, die Petrus im Kreis der Apostel innehatte.

Die nächsten Mitarbeiter des Stammapostels sind die Bezirksapostel mit den ihnen zur Hilfe gegebenen Aposteln. Die Bezirksapostel sind gleichzeitig auch die Präsidenten der einzelnen Gebietskirchen. Für die Gebietskirche Schweiz ist Bezirksapostel Markus Fehlbaum zuständig.

Bei der Erfüllung regionaler Aufgaben helfen den Aposteln Bischöfe, Bezirksälteste und Bezirksevangelisten. Das Zentrum des kirchlichen Lebens sind die einzelnen Gemeinden. Die Apostel beauftragen Hirten, Evangelisten oder Priester, die Gemeinden zu leiten. Diese Gemeindevorsteher werden von weiteren Priestern sowie Diakonen und Unterdiakonen unterstützt.

Die rund 10,5 Millionen neuapostolischen Christen, die weltweit in fünf Kontinenten und rund 65'000 Gemeinden leben, gehören allen sozialen Schichten, Völker und Generationen an.