Die Administration wird durch die Verwaltung der Neuapostolischen Kirche Schweiz, mit Hauptsitz in Zürich, und den Sekretariaten im In- und Ausland erledigt.

Bezirksapostel Markus Fehlbaum - oberster Seelsorger des Bezirksapostelbereichs und gleichzeitig Kirchenpräsident der Gebietskirche Schweiz - ist dem Stammapostel unterstellt und damit in die Organisation der Neuapostolischen Kirche International integriert.

Beim Bezirksapostel sind die beiden Bereiche Seelsorge und Administration zusammengefasst. In der Seelsorgelinie stehen ihm die Apostel und Bischöfe mit ihren Seelsorgern aus Bezirken und Gemeinden zur Seite, unterstützt von einem zentralen Sekretariat unter der Leitung von Hirte Thomas Deubel.

Die Administration des Bezirksapostelbereichs mit ihrem Leiter Administration, Bischof André Kreis, betreut die verschiedenen Ländersekretariate.
Die Administration der Neuapostolischen Kirche Schweiz mit Esther Dubs als Leiterin ist in Zürich domiziliert und beherbergt auch die drei Fachbereiche Rechnungswesen, Immobilien und Zentrale Dienste.

• Organigramm Bezirksapostelbereich (Stand: Mai 2010)
• Organigramm der Verwaltung (Stand: Januar 2011)