Die Neuapostolische Kirche Schweiz ist privatrechtlich organisiert und als Verein im Handelsregister des Kantons Zürich eingetragen (vgl. Statuten der NAK Schweiz). Sie versteht sich wie alle Neuapostolischen Gebietskirchen als Teil der weltweiten Neuapostolischen Kirchen.

Oberstes Organ der Neuapostolischen Kirche Schweiz ist die Delegiertenversammlung. Der Delegierte eines Kirchenbezirks wird für 4 Jahre von den Mitgliedern gewählt. Die Delegiertenversammlung wiederum wählt den Vorstand und den Kirchenpräsidenten für jeweils 1 Jahr. Die Jahresrechungen der Neuapostolischen Kirche Schweiz, der Gemeinnützigen Stiftung der Neuapostolischen Kirche Schweiz und der Missionsstiftung NAK Schweiz werden durch eine unabhängige Revisionsstelle geprüft.