La structure de l'Eglise néo-apostolique internationale se décompose en plusieurs Eglises territoriales qui sont dirigées par des apôtres de district. L'autorité suprême et spirituelle de l'Eglise est l'apôtre-patriarche. Wilhelm Leber est, depuis la Pentecôte 2005, l'apôtre-patriarche actuel. Sa position est comparable à celle qu'occupait en son temps Pierre dans le cercle des apôtres.

Les collaborateurs les plus étroitement liés à l'apôtre-patriarche sont les apôtres de district. A leurs côtés travaillent d'autres apôtres. Les apôtres de district font également office de président de leur Eglise territoriale respective. L'apôtre de district Markus Fehlbaum est responsable de l'Eglise territoriale de Suisse.

Les évêques, anciens et évangélistes de district assistent les apôtres dans l'accomplissement de leurs tâches. Le centre de la vie de l'Eglise se trouve dans les différentes communautés. Pour les diriger, les apôtres mandatent des bergers, évangélistes ou prêtres. Les responsables de communauté sont soutenus dans leur tâche par d'autres prêtres, par des diacres et des sous-diacres.

Les 10,5 millions de chrétiens néo-apostoliques, qui vivent au sein de 65'000 communautés réparties sur les cinq continents, appartiennent à toutes les catégories sociales, peuples et générations.