La gestione viene fatta dall'amministrazione della Chiesa Neo-Apostolica Svizzera, con sede principale a Zurigo, insieme ai segretariati nazionali ed esteri.

L'apostolo di distretto Markus Fehlbaum - il più alto ecclesiastico dell'area di attività di apostolo di distretto e nel contempo presidente della Chiesa regionale Svizzera - sottostà all'autorità del sommoapostolo e pertanto è integrato nell'organizzazione della Chiesa Neo-Apostolica Internazionale.

Nell'apostolo di distretto è riunita la cura delle anime e l'amministrazione. Nell'ambito della cura delle anime collaborano con lui gli apostoli e i vescovi con i loro ministri ecclesiastici nei distretti e nelle comunità, sostenuti da un segretariato centrale sotto la direzione del pastore Thomas Deubel.

L'amministrazione dell'area d'attività dell'apostolo di distretto, sotto la guida del direttore dell'amministrazione, vescovo André Kreis, cura anche i segretariati dei vari Paesi.
L'amministrazione della Chiesa Neo-Apostolica Svizzera, sotto la guida di Esther Dubs, si trova a Zurigo e ospita anche i tre reparti contabilità, immobili e servizi centrali.

• Organigramma area d'attività apostolo di distretto (stato: maggio 2010)
• Organigramma dell'amministrazione (stato: gennaio 2011)