La Chiesa Neo-Apostolica Svizzera è organizzata in base al diritto privato in quanto associazione iscritta al registro di commercio del Cantone Zurigo (cfr. Statuti della CNA Svizzera).

L'organo supremo della Chiesa Neo-Apostolica Svizzera è l'assemblea dei delegati. Il delegato di un distretto ecclesiastico è eletto dai membri per la durata di 4 anni. A sua volta, l'assemblea dei delegati elegge il comitato direttivo e il presidente della Chiesa, per la durata di 1 anno. I conti annuali della Chiesa Neo-Apostolica Svizzera, della Fondazione di utilità pubblica della Chiesa Neo-Apostolica Svizzera e della Fondazione a sostegno della missione della CNA Svizzera vengono esaminati da una società di revisione indipendente.